Szlaki Papieskie zostały otwarte i symbolicznie poświęcone 26 V 2003 w Rabce-Zdroju. Tak zostało zapoczątkowane rozwinięte na szeroką skalę dzieło utrwalania polskich śladów naszego wybitnego Rodaka. Oznakowanie Szlaków Papieskich to dar dla Jana Pawła II z okazji 25-lecia Pontyfikatu. Inicjatorem był zawiązany w tym celu Społeczny Komitet Organizacyjny (przekształcony wkrótce w Fundację Szlaki Papieskie), złożony z przedstawicieli Krakowa oraz lokalnych władz samorządowych i parafii.

Od tamtego czasu zasięg Szlaków Papieskich stale się powiększa – obecnie siatka Szlaków Papieskich, pokrywa wszystkie góry w Polsce i północną część kraju (Szlaki Kajakowe). Nazwy Szlaków Papieskich odpowiadają nazwom pasm górskich lub regionów geograficznych, nie są związane z podziałem administracyjnym Kraju.

Oznakowane są błękitnymi mapami z zaznaczonymi trasami Szlaków Papieskich oraz malowanymi na drzewach znakami: na niebieskim tle żółty krzyż wsparty na trójkącie, symbolizującym świętą górę (Mons Sanctorum). Biegną przeważnie wzdłuż szlaków turystycznych, wyznaczonych jeszcze przed wojną przez PTT (obecnie PTTK). Bardzo często kładzione są też okazałe głazy z tablicą pamiątkową i krzyżem, kutym w kształcie papieskiego pastorału.

Fundacja Szlaki Papieskie działa w Krakowie od roku 2003, pod patronatem honorowym kard. Stanisława Dziwisza Metropolity Krakowskiego. Dokumentuje i opisuje miejsca odwiedzane przez ks., bp., kard. Karola Wojtyłę, oraz opisuje i wytycza na podstawie dokumentów trasy turystyczne, które przeszedł na terenie Polski. Współpracuje z samorządami i instytucjami kościelnymi w całej Polsce. Działalność Fundacji służy utrwalaniu pamięci o św. Janie Pawle II, oraz propagowaniu Jego nauczania. Dwukrotnie nominowana do nagrody TOTUS – 2013 i 2015.

Mottem działania Fundacji jest prośba św. Jana Pawła II:

Pilnujcie mi tych szlaków (Nowy Targ, 8 VI 1979)